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Pierrot Dupuy - Santé Publique France reconnait que le nombre de clusters est "sans doute sous-estimé"

Nous avons pu nous procurer le point épidémio régional spécial Covid-19 du 27 août, actualisé le 28, édité par Santé Publique France concernant La Réunion. On y découvre une foule de données fort intéressantes. Et quelques aveux comme celui que le nombre de clusters est "sans doute sous-estimé". Nous en reproduisons l'essentiel ci-dessous. Les sous-titrages et les surlignages sont de notre fait. Les passages de Santé publique France sont en italique.
Ecrit par zinfos974 – le samedi 29 août 2020 à 10H56

Santé Publique France démarre son exposé de la situation épidémiologique à La Réunion suite à l'épidémie du Covid-19 par un constat dont les principales données sont connues puisqu'elles ont été exposées par le Dr Chieze de l'ARS hier soir, lors d'une conférence de presse en compagnie du préfet : "Le nombre de cas autochtones a très fortement augmenté en semaines 33 et 34 traduisant une circulation accrue du virus, y compris au-delà des clusters identifiés. Depuis 2 semaines, 90% des cas signalés sont autochtones. Le taux d’incidence est passé de 5 en semaine 32 à plus de 40/100 000 habitants en semaine 34, soit un taux légèrement supérieur au taux national. Le nombre de reproduction (R) est estimé à 1,89 (significativement supérieur à 1), selon les données de SIDEP du 19 au 25 août 2020. Les regroupements familiaux et amicaux (anniversaire, repas de famille...) sont à l’origine de la majorité des clusters identifiés".

 

Augmentation du nombre de clusters

Depuis le 11 mai 2020, les ARS en lien avec les Cellules régionales de Santé publique France et les partenaires locaux, investiguent les clusters détectés. Un cluster est défini par la survenue d’au moins 3 cas confirmés ou probables dans une période de 7 jours, qui appartiennent à une même communauté ou ont participé à un même rassemblement de personnes. L’identification des clusters résulte de signalements au point focal de l’ARS, du suivi des contacts, et des campagnes de dépistage. Les clusters sont qualifiés d’un niveau de criticité, évalué en fonction de leur potentiel de transmission communautaire et de critères de gravité.

A La Réunion, une augmentation du nombre de clusters signalés a été observée en semaine 33.

Au 27 août 2020, 16 clusters identifiés sont actifs dont 13 en cours d’investigation, 2 maîtrisés, et 1 à diffusion communautaire. Parmi ces 16 clusters, 12 sont de criticité limitée, 3 de criticité modérée et 1 de criticité élevée (diffusion communautaire). Ces clusters actifs concernent 145 personnes contaminées parmi plus de 300 personnes exposées. 7 personnes contaminées ont été hospitalisées. Ils concernent les communes de Saint-Denis (10 clusters dont 2 de criticité modérée), Sainte-Marie (2 clusters dont 1 de criticité modérée), Le Port (1 cluster), La Possession (1 cluster), Sainte-Anne (1 cluster) et Saint-André (1 cluster).

Etant donné le nombre important de cas signalés autour des dernières semaines, il est probable que le nombre de cluster identifié soit sous-estimé.

La majorité des clusters sont liés à des événements festifs et familiaux, qui peuvent donner lieu à la mise en place de chaines de transmissions locales. Il est important de respecter les mesures de protection recommandées lors de ces événements, et de rappeler la nécessité d’avoir recours au prélèvement dès les premiers signes évocateurs.

 

Le taux d'incidence le plus élevé à St-Denis et St-André

Depuis le 13 mai 2020, la surveillance virologique s’appuie sur SIDEP (système d’information de dépistage), qui permet un suivi exhaustif de l’ensemble des personnes testées dans les laboratoires de ville et hospitaliers. Actuellement, les données transmises concernent les tests RT-PCR réalisés.

En semaine 34, le taux d’incidence était de 43,7/100 000 habitants; il a été multiplié par 8 par rapport à la semaine 32 (5,2/100 000) et par 1,7 par rapport à la semaine 33 (26,4/100 000). Il est au-dessus du seuil de vigilance (10/1000 000 habitants) et légèrement supérieur au taux national pour la deuxième semaine consécutive. Le taux d’incidence augmente plus fortement chez les personnes âgées de 15 à 45 ans : il atteignait 60/100 000 en semaine 34.Le taux d’incidence est également hétérogène entre les communes de l’île : selon les données SIDEP du 14 au 26 août 2020, le taux d’incidence était le plus élevé à Saint-Denis et Saint-André.

En semaine 34, le taux de positivité était en augmentation pour la deuxième semaine consécutive (2,7%), mais reste en-dessous du seuil de vigilance (5%). Le taux de dépistage continue d’augmenter et atteint 1620 tests /100 000 habitants.

Le taux d’incidence calculé à partir de SIDEP est a priori légèrement surestimé car sont comptabilisés des tests concernant des personnes dont le prélèvement réalisé à Mayotte a été analysé à La Réunion (le code postal de résidence ne permettant pas de les distinguer). Des différences peu importantes, qui ne modifient pas significativement les différents taux, existent si les extractions de la base SIDEP sont effectuées en considérant les sites de prélèvements (finess laboratoire) au lieu des codes postaux de résidence des personnes prélevées.

Parmi les personnes testées, la proportion de celles asymptomatiques a augmenté jusqu’à la semaine 33 (94%) et diminué en semaine 34 (87%). Parmi les personnes avec un test positif, la proportion de celles asymptomatiques diminue entre les semaines 29 (77%) et 34 (66%). Parmi ces personnes avec un test positif, la proportion de celles ayant signalé des symptômes plus de 2 jours avant le prélèvement augmente à 27% en semaine 34. Ceci peut être expliqué par un recours plus compliqué au dépistage. En semaines 33 et 34, le taux de positivité était très supérieur chez les personnes symptomatiques (entre 6% et10%), en comparaison aux personnes asymptomatiques (moins de 2%).

 

La majorité des clusters liés à des événements festifs ou familiaux

Depuis le 11 mai 2020, les ARS en lien avec les Cellules régionales de Santé publique France et les partenaires locaux, investiguent les clusters détectés, selon le guide en vigueur (disponible ici). Un cluster est défini par la survenue d’au moins 3 cas confirmés ou probables dans une période de 7 jours, qui appartiennent à une même communauté ou ont participé à un même rassemblement de personnes. L’identification des clusters résulte de signalements au point focal de l’ARS, du suivi des contacts, et des campagnes de dépistage. Les clusters sont qualifiés d’un niveau de criticité, évalué en fonction de leur potentiel de transmission communautaire et de critères de gravité.

A La Réunion, une augmentation du nombre de clusters signalés a été observée en semaine 33.

Au 27 août 2020, 16 clusters identifiés sont actifs dont 13 en cours d’investigation, 2 maîtrisés, et 1 à diffusion communautaire. Parmi ces 16 clusters, 12 sont de criticité limitée, 3 de criticité modérée et 1 de criticité élevée (diffusion communautaire). Ces clusters actifs concernent 145 personnes contaminées parmi plus de 300 personnes exposées ; 7 personnes contaminées ont été hospitalisées. Ils concernent les communes de Saint-Denis (10 clusters dont 2 de criticité modérée), Sainte-Marie (2 clusters dont 1 de criticité modérée), Le Port (1 cluster), La Possession (1 cluster), Sainte-Anne (1 cluster) et Saint-André (1 cluster).

Etant donné le nombre important de cas signalés autour des dernières semaines, il est probable que le nombre de cluster identifié soit sous-estimé.

La majorité des clusters sont liés à des événements festifs et familiaux, qui peuvent donner lieu à la mise en place de chaines de transmissions locales. Il est important de respecter les mesures de protection recommandées lors de ces événements, et de rappeler la nécessité d’avoir recours au prélèvement dès les premiers signes évocateurs.

 

Le taux d'incidence légèrement supérieur au taux national

Depuis le 13 mai 2020, la surveillance virologique s’appuie sur SIDEP (système d’information de dépistage), qui permet un suivi exhaustif de l’ensemble des personnes testées dans les laboratoires de ville et hospitaliers. Actuellement, les don-nées transmises concernent les tests RT-PCR réalisés.

En semaine 34, le taux d’incidence était de 43,7/100 000 habitants; il a été multiplié par 8 par rapport à la semaine 32 (5,2/100 000) et par 1,7 par rapport à la semaine 33 (26,4/100 000). Il est au-dessus du seuil de vigilance (10/1000 000 habitants) et légèrement supérieur au taux national pour la deuxième semaine consécutive. Le taux d’incidence augmente plus fortement chez les personnes âgées de 15 à 45 ans : il atteignait 60/100 000 en semaine 34.

Le taux d’incidence est également hétérogène entre les communes de l’île : selon les données SIDEP du 14 au 26 août 2020, le taux d’incidence était le plus élevé à Saint-Denis et Saint-André.

En semaine 34, le taux de positivité était en augmentation pour la deuxième semaine consécutive (2,7%), mais reste en-dessous du seuil de vigilance (5%). Le taux de dépistage continue d’augmenter et atteint 1620 tests /100 000 habitants.

Le taux d’incidence calculé à partir de SIDEP est a priori légèrement surestimé car sont comptabilisés des tests concernant des personnes dont le prélèvement réalisé à Mayotte a été analysé à La Réunion (le code postal de résidence ne permettant pas de les distinguer). Des différences peu importantes, qui ne modifient pas significativement les différents taux, existent si les extractions de la base SIDEP sont effectuées en considérant les sites de prélèvements (finess laboratoire) au lieu des codes postaux de résidence des personnes prélevées.

Parmi les personnes testées, la proportion de celles asymptomatiques a augmenté jusqu’à la semaine 33 (94%) et diminué en semaine 34 (87%). Parmi les personnes avec un test positif, la proportion de celles asymptomatiques diminue entre les semaines 29 (77%) et 34 (66%). Parmi ces personnes avec un test positif, la proportion de celles ayant signalé des symptômes plus de 2 jours avant le prélèvement augmente à 27% en semaine 34. Ceci peut être expliqué par un recours plus compliqué au dépistage. En semaines 33 et 34, le taux de positivité était très supérieur chez les personnes symptomatiques (entre 6% et10%), en comparaison aux personnes asymptomatiques (moins de 2%).

 

Pierrot Dupuy - Santé Publique France reconnait que le nombre de clusters est Augmentation du nombre de passages aux urgences pour suspicion de Covid

A la Réunion, le réseau OSCOUR repose sur l’ensemble des structures d’urgences qui transmettent quotidiennement leur données d’activité à Santé publique France. Depuis le 24 février 2020, un indicateur de suivi des suspicions de COVID-19 vues aux urgences a été mis en place.

Entre les semaine 33 et 34, une augmentation à 29 passages pour suspicion de COVID-19 est observée, soit une part d’activité qui augmente aussi à 1%. L’augmentation est observée principalement chez les 15-44 ans. Ces données ne prennent pas en compte les personnes qui sont prises en charge directement via les filières dédiées, notamment pour la réalisation de prélèvements (effectifs plus importants).

 

11 patients en réanimation

Selon les données SIVIC, au 27 août 2020, 52 personnes avec un diagnostic confirmé de COVID19 étaient hospitalisées.

Selon les données de la surveillance des cas graves de COVID19, au 26 août 2020, 11 patients étaient admis en réanimation pour COVID19 dont 1 enfant et 10 adultes âgés de plus de 40 ans. Les caractéristiques de ces patients sont présentées dans le tableau ci-dessous

 

Aucun cas en établissements sociaux et médico-sociaux, 1 en dans un établissement d’hébergement pour personnes en situation de handicap

Aucun excès significatif de mortalité, toutes causes et tous âges confondus, n’a été observé jusqu’en semaine 33 (source Insee).

Des décès avec une notion de COVID19 ont été signalés via SIVIC ou identifiés via les certificats de décès : 7 décès ont été signalés via SIVIC : il s’agissait de personnes hospitalisées à La Réunion avec un diagnostic de CO-VID19 confirmé biologiquement ; toutes présentaient des comorbidités ; 5 patients avaient bénéficié d’une évacuation sanitaire. Deux de ces décès ont été signalés en semaine 34, et après investigation par l’ARS, une de ces deux personnes est décédée de complications directement liées au COVID-19.4 certificats de décès portant la mention «Covid» ont été identifiés. Parmi eux, pour 3 personnes la RT-PCR du SARS-CoV-2 était négative et pour 1 personne (avec un diagnostic différentiel—dengue)le SARS-CoV-2 n’a pas été recherché.

Depuis le 23 mars les ESMS ont la possibilité de signaler les cas possibles de COVID19 via le portail de signalement. Cette surveillance concerne les établissements disposant de places d’hébergement. Tous les Ehpad et les EMS sont invités à signaler le nombre de cas possibles et confirmés de COVID-19, dès le premier cas possible ou confirmé, parmi les personnes résidentes ou les membres de personnel, via le portail de signalement.

Les objectifs de cette surveillance sont de détecter rapidement la survenue de cas possibles afin de mettre en place rapidement des mesures de gestion ; assurer le suivi du nombre de cas et de décès liés au COVID-19 en temps réel ; aider à la gestion des épisodes.

Aucun cas confirmé n’avait été signalé entre avril et la semaine 34.

En semaine 35, un cas confirmé de COVID19 a été signalé dans un établissement d’hébergement pour personnes en situation de handicap.

 

4 certificats de décès avec la mention "Covid"

Aucun excès significatif de mortalité, toutes causes et tous âges confondus, n’a été observé jusqu’en semaine 33 (source Insee).

Des décès avec une notion de COVID19 ont été signalés via SIVIC ou identifiés via les certificats de décès : 7 décès ont été signalés via SIVIC : il s’agissait de personnes hospitalisées à La Réunion avec un diagnostic de CO-VID19 confirmé biologiquement ; toutes présentaient des comorbidités ; 5 patients avaient bénéficié d’une évacuation sanitaire.

Deux de ces décès ont été signalés en semaine 34, et après investigation par l’ARS, une de ces deux personnes est décédée de complications directement liées au COVID-19.

4 certificats de décès portant la mention "Covid" ont été identifiés. Parmi eux, pour 3 personnes la RT-PCR du SARS-CoV-2 était négative et pour 1 personne (avec un diagnostic différentiel—dengue) le SARS-CoV-2 n’a pas été recherché.

 

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