Jean Daubigny, ancien élève de l’ENA, a été nommé le 14 juillet 1988 conseiller technique au cabinet du président de la République François Mitterrand jusqu’à ce qu’il soit nommé le 23 janvier 1991 Préfet du Vaucluse, puis le 21 juin 1993 Préfet de la Loire. Réintégré dans son corps d’origine, il est nommé délégué interministériel à la ville et au développement social urbain le 9 décembre 1996. Le 15 juillet 1998, il est nommé Préfet de la Réunion, puis le 2 juillet 2001 préfet de la Marne, puis le 31 juillet 2003 Préfet de la Haute-Garonne.
Le 19 juillet 2006, il devient préfet de la zone de défense Ouest et préfet de région Bretagne, puis le 3 juillet 2009 Préfet de la Loire-Atlantique. Au retour de la Gauche au pouvoir, il est choisi le 17 mai 2012 comme directeur de cabinet du ministre de l’Intérieur Manuel Valls dans le gouvernement Jean-Marc Ayrault, mais quelques mois plus tard, le 19 décembre 2012, il devient Préfet de Paris. Il a pris sa retraite en avril 2015.